Epigenetikk , også epigenom [ 1 ] ( fra gresk epi , i eller på , - genetikk ) er studiet av mekanismene som regulerer uttrykket av gener uten en modifikasjon i DNA -sekvensen som utgjør dem. Den etablerer forholdet mellom genetiske og miljømessige påvirkninger som bestemmer en fenotype . [ 2 ]
Begrepet epigenetikk ble laget av CH Waddington i 1942 for å referere til studiet av interaksjoner mellom gener og miljøet som forekommer i organismer. [ 3 ] [ 4 ] Biologen definerte det som " studiet av alle hendelsene som fører til utviklingen av det genetiske utviklingsprogrammet eller den komplekse utviklingsprosessen som formidler mellom genotype og fenotype . [ 3 ] Den viser til studiet av faktorene som, uten å tilsvare elementer fra klassisk genetikk, spiller en svært viktig rolle i moderne genetikk ved å samhandle med dem.
Genetiske faktorer som bestemmes av det cellulære miljøet — snarere enn av arvelighet — er involvert i å bestemme utviklingsstadiene ( ontogeni ), fra befruktningen av zygoten og som også er involvert i den arvelige reguleringen av genuttrykk uten å tilsvare en endring i nukleotidsekvensen .
Det kan sies at epigenetikk er settet av kjemiske reaksjoner og andre prosesser som modifiserer aktiviteten til DNA , men uten å endre sekvensen. Epigenetiske endringer kan også forekomme hos mennesker som svar på en endring i kostholdet. [ 5 ] «Epigenetiske merker» anses å være ikke-genetiske faktorer. Epigenetiske merker er ikke gener, men moderne genetikk lærer oss at ikke bare gener påvirker organismenes genetikk. [ 6 ]
Med fullføringen av Human Genome Project i 2003, har forskere innsett at det er mye mer til det molekylære grunnlaget for cellefunksjon, utvikling, aldring og mange sykdommer. [ 7 ] Ideen som ble holdt for noen år siden om at mennesker og andre organismer bare hovedsakelig er det som er skrevet i genene våre fra unnfangelsen, endrer seg raskt, og vitenskapen går videre for å dechiffrere språket den koder for. små kjemiske modifikasjoner som er i stand til å regulerer uttrykket av mange gener. [ 8 ]
Epigenetikk tolker klassiske konsepter på nytt og gjenkjenner nye mekanismer som gjør at informasjonen i hver enkelt persons DNA blir oversatt . [ 9 ] Et nytt språk i genomet blir dechiffrert, samtidig som forestillingen må introduseres om at våre egne erfaringer kan prege arvestoffet vårt på måter som hittil er ukjente, og at disse «merkene» kan overføres til fremtidige generasjoner. [ 10 ]
Epigenetiske mekanismer har kreft , kardiovaskulære, nevrologiske, reproduktive og immunpatologier.
Avhengig av den biologiske disiplinen har begrepet "epigenetikk" forskjellige betydninger: [ 11 ]
Epigenetikk er studiet av endringer i genuttrykk , som ikke skyldes en endring i DNA-sekvensen og også er arvelige. Kilder til genmodifikasjoner er miljøfaktorer, som kan påvirke ett eller flere gener med flere funksjoner. Gjennom «epigenetisk regulering» er det mulig å observere hvordan tilpasningen til miljøet er gitt av plastisiteten i genomet, noe som resulterer i dannelsen av ulike fenotyper avhengig av miljøet organismen utsettes for. Disse modifikasjonene har en høy grad av stabilitet og kan, ettersom de er arvelige , opprettholdes i en cellelinje i mange generasjoner. Dette er viktig når det er feil i modifikasjonene, fordi det kan genereres sykdommer som varer i en familie i lang tid.
"Epigenetisk regulering" kan være forårsaket av endringer i konformasjonen av kromatin i henhold til dets interaksjon med histoner . Dette er et nøkkelnivå for regulering, siden kromatinets tilstand bestemmer når, hvor og hvordan et gen kan uttrykkes eller ikke . Hvis kromatinet er i en høy grad av kondensering , kan ikke transkripsjonselementene få tilgang til nevnte region av DNA, og genet blir derfor ikke transkribert; det vil si at genet stanses. I kontrast, hvis kromatinet ikke er kondensert , kan transkripsjonelle aktivatorer binde seg til promoterregioner for at gentranskripsjon skal skje . Dette er en av måtene genomregulering skjer på.
Det har blitt fastslått at det er tre epigenetiske reguleringsprosesser:
Den indre molekylære strukturen til kromosomer er delt inn i 3 lag:
Det er «epimutasjonene» som ifølge noen teorier ville gi opphav til sykdommer som schizofreni, mens epigenetiske variasjoner forklarer for eksempel uoverensstemmelsene mellom eneggede tvillinger, som viser identiske DNA-sekvenser.
Epigenetiske variasjoner kontrollerer genaktivitet; hvis konsentrasjonen av stoff "X" er høy, vil aktiviteten være høy. Den epigenetiske koden består av et system av molekyler knyttet til DNA eller histoner , en histonkode er det som styrer ekspresjonen av gener, siden deres proteinhaler (de av histoner) katalyserer en rekke kjemiske tilsetninger, for eksempel acetyler som forsterker nabogener.
De epigenetiske mekanismene som virker på molekylært nivå er: DNA-metylering og histonmodifikasjon .
Det har blitt oppdaget at i høyere organismer tilsettes en metylgruppe til cytosinbasen , som tillater den lukkede konformasjonen av kromatin. Derfor er en høy grad av metylering assosiert med gendemping. En måte å kontrollere graden av metylering på er gjennom virkningen av miljøeffekter. Hos pattedyr har man sett at metionin , kolin , folsyre og pyridoksiner (som er stoffer fra kosten) har som funksjon å tilsette metylgrupper. Generelt skjer metylering i større grad i CpG-øyene (regioner med høye konsentrasjoner av cytosin og guanin ) som er en del av promotorregionen til gener. For at metylering skal skje riktig, trenger den DNA-metyltransferase, som er ansvarlig for å etablere og opprettholde metyleringsmønstre, og den trenger metyl-CpG-bindende proteiner, som er involvert i å lage metyleringsmerker. [ 14 ]
Et eksempel på viktigheten av å dempe et gen eller en gruppe gener er X-kromosominaktivering og genavtrykk. Genavtrykk refererer til at en av genkopiene (det kan være både mors- eller farskopien) som er arvet fra foreldrene, kan stanses fullstendig for å få et monoallelisk uttrykk for visse gener. Derfor vil et metyleringsmønster tilsvarende kjønn bli observert. Hvis det er abnormiteter i demping av visse kopier, kan det være endringer i fenotypen som kan være et resultat av sykdommer som Beckwith Wiedemann syndrom . Dette syndromet oppstår når de to kopiene av IGF2-genet er aktive, det vil si at genmerkingsprosessen ikke skjedde tilstrekkelig ved ikke å dempe den mors kopi, og derfor er individet preget av tilstedeværelsen av et høyt antall store svulster . Det har blitt fastslått at en høy grad av metylering av gener som regulerer cellesyklusen og DNA-reparasjon fører til en høyere frekvens av tumordannelse. Tilsvarende, hvis det er et lavt nivå av metylering (hypometylering), oppstår også sykdommer. Nyere studier har vist at metylering er en forsvarsmekanisme mot virus og parasitter for å forhindre at de skader DNA. [ 15 ]
DNA-metylering ved kreftDNA-metylering er en svært viktig regulator for gentranskripsjon. En veldig stor mengde bevis har vist at avvikende DNA-metylering er assosiert med uplanlagt gendemping, og gener som har svært høye nivåer av 5-metylcytosin i promotorregionen, blir transkripsjonelt dempet. DNA-metylering er essensielt i embryonal utvikling, og i somatiske celler blir DNA-metyleringsmønstre generelt overført til datterceller med høy troskap. Avvikende mønstre for DNA-metylering har vært assosiert med et stort antall menneskelige sykdommer og har blitt funnet på to forskjellige måter: hypermetylering og hypometylering, sammenlignet med normale standarder. Hypermetylering er en av de viktigste epigenetiske modifikasjonene som er ansvarlige for å undertrykke transkripsjon via promotorregionen til tumorsuppressorgener. Hypermetylering forekommer ved CpG-øyer i promotorregionen og er assosiert med geninaktivering. Hypometylering har også vært involvert i kreftutvikling og progresjon gjennom forskjellige mekanismer. Generelt, i tumorprosesser, observeres hypometylering av DNA, bortsett fra spesifikke promotorregioner som er hypermetylerte, som normalt tilsvarer promotorer av tumorsuppressorgener . Dette fører til avvikende genuttrykk. [ 16 ]
Kromatin består av en grunnleggende enhet, nukleosomet , som består av histoner (H2A, H2B, H3 og H4) bundet til ikke-histonproteiner. DNA er kveilet i nukleosomet. Ved post-translasjonelle modifikasjoner kan konfigurasjonen av histoner endres. Histoner gjennomgår modifikasjoner gjennom prosessene med acetylering, fosforylering , metylering, deaminering, prolinisomerisering og ubiquitinering. Spesifikke kombinasjoner i histonmodifikasjon fungerer som en slags kode som bestemmer om genet skal stanses eller uttrykkes, og dette er en annen måte genregulering kan skje på. [ 16 ]
HistonacetyleringHistoner i kromatin kan modifiseres ved acetylering. Dette er den hyppigste endringen og kanskje den viktigste. I nærvær av acetyl Co-A skjer acetylering gjennom enzymet histon acetyltransferase (HAT) . Enzymet histon deacetylase (HDAC) er ansvarlig for å fjerne det epigenetiske merket.
Acetylering gjenkjennes av en gruppe bromodomeproteiner som er i stand til å detektere acetylert lysin. Proteiner inneholder ofte to bromodener og kan derfor gjenkjenne to acetylerte lysiner i samme interaksjon. Acetyllysin har en dårligere evne til å samhandle med DNA, og derfor er kromatinet mindre foldet. Det positivt ladede lysinet har en større evne til å samhandle med fosfatgruppene i DNA.
Histonacetylering finner sted under DNA-replikasjon , når gentranskripsjon aktiveres eller undertrykkes.
Enzymkompleksene er forskjellige i ett og et annet trinn, og skiller dermed repressorkompleksene som utfører deacetyleringen og aktivatorkompleksene som utfører acetyleringen. Histonacetyleringsbalansen er en nøkkelfaktor i transkripsjonsregulering i normale celler: Når det gjelder deacetylerte histoner, har kromatinet en lukket konformasjon , og derfor kan ikke transkripsjonsfaktorene få tilgang til DNA, som hemmer genuttrykket.
Tvert imot, i tilfelle av acetylerte histoner , presenterer kromatinet en åpen konformasjon , og derfor kan transkripsjonsfaktorene få tilgang til DNA, som favoriserer genuttrykk.
Dermed endrer endringer i histonacetyleringsnivåer i kreft genuttrykk. Generelt, i tumorprosesser, påvirker den hyppigste endringen verken leseren eller proteinet, men histon-deacetylase, som er overuttrykt, og histon-acetyltransferase, hvis uttrykk avtar, noe som gir en økning i den lukkede formen av kromatin og som følgelig avvikende genuttrykk.
HistonmetyleringHistoner kan modifiseres ved metylering. Det forekommer på arginin- og lysinrester av histoner, og er hyppigere på lysinrester. Innføringen av en metylgruppe i nevnte rester katalyseres av enzymet lysinmetyltransferase , og danner således S-adenosylhomocystein.
I motsetning til acetylering, er effekten produsert av metylering ikke generell, men snarere, avhengig av lysinet som er metylert, produseres transkripsjon eller inhibering (selv det samme lysinet kan metyleres flere ganger).
Metylert lysin gjenkjennes av proteiner med distinkte domener som kromodomener, PHD-domener eller kongelige familiedomener (Tudor, PWWP, MBT). Det kan skje at det samme proteinet har mer enn ett domene for å gjenkjenne flere lysiner samtidig.
Enzymsystemet som er ansvarlig for å slette signalet består av en lysindemetylase som spesifikt fjerner histonmetylering gjennom forskjellige katalytiske mekanismer (FAD-avhengig aminoksidasemekanisme eller Fe2+-avhengig dioksygenasemekanisme).
Histonmetylering kan endre kromatinstrukturen, siden metylering utført av histonmetyltransferaser (HMT-er) kan rekruttere HDAC-er, noe som fører til lukket kromatinstruktur og gendemping. Fra tumorsynspunkt rekrutterer tilstedeværelsen av metylering i visse tilfeller histon-deacetylase, noe som favoriserer undertrykkelsen av tumorsuppressorgener. Histonmetylering endres i forskjellige tumorprosesser.
En form for genregulering er gjennom interfererende RNA (iRNA), som ikke koder for et spesifikt protein, men deres sekvenser er komplementære til DNA eller kodende RNA og forhindrer deres translasjon . Dette er en form for negativ regulering av genregulering. det post-transkripsjonelle nivået. En av disse typene RNA er mikro-interfererende RNA (miRNA) , som binder seg til komplementære sekvenser og bryter ned transkripsjonen, og dermed forhindrer translasjon til proteiner. Betydningen av denne typen genregulering har blitt sett i flere scenarier som: regulering av svulstproduksjon, effekter av aldring på grunn av endringer i metylering, assosiert med stress på grunn av metylering i nevrale gener, involvert i ufullkommen fosterutvikling, blant annet.
Alle disse epigenetiske mekanismene spiller en grunnleggende rolle i riktig utvikling og funksjon av organismen, som er tilfellet med embryonal utvikling, atferd eller celledifferensiering, som hvis ukontrollert kan føre til kreft. Epigenetikk er ansvarlig for å muliggjøre en god organisering av kromatin i cellekjernen, regulere genuttrykk i ulike vev og celletyper, og opprettholde riktig uttrykksmønster til rett tid og sted.
Nødvendigvis, for å være funksjonelle, må DNA-molekyler gjennomgå "transkripsjonsprosessen" hvorved de kopieres til et annet molekyl med lignende kjemisk natur, RNA eller ribonukleinsyre. I denne prosessen spiller regulatoriske sekvenser en relevant rolle, det vil si sett med nukleotider som gjenkjennes av det cellulære maskineriet eller "transkripsjonsfaktorer", på en slik måte at dannelsen av et multiproteinkompleks blir muliggjort, som etter fysisk sammenføyning med DNA begynner å kopiere det. Tilgjengeligheten til de regulatoriske sekvensene bestemmer muligheten for at transkripsjonsprosessen skal skje.
Metyleringsprosesser spiller en viktig rolle i virkningen av genomisk preging . Hos virveldyr har denne mekanismen bare blitt oppdaget hos pattedyr. Avhengig av foreldrenes opprinnelse, kan gener aktiveres eller dempes. Imprinting påvirker prenatal vekst og dens betydning for å generere sykdom er etablert. Genomisk imprinting begynner under gametogenese og arves derfor under gametfusjon. Under dannelsen av zygoten omprogrammeres avtrykket i det nye individet. Det klareste eksemplet på denne mekanismen forekommer i reguleringen av den kompenserende dosen av X-kromosomet . Denne omprogrammeringen spiller en viktig rolle i uttrykket av genene til spesifikt vev som, hvis de blir modifisert, kan ha konsekvenser for riktig utvikling av organismen. Derfor, med en bedre forståelse av hvordan disse prosessene skjer og hvordan de reguleres, er det mulig å forstå sykdommer som svangerskapsforgiftning, tap under graviditet, svikt som oppstår i assistert befruktning, problemer forbundet med infertilitet og kreft blant annet.
Epigenetisk arv er et resultat av overføring av informasjon som ikke er avhengig av DNA-nitrogenholdige basesekvenser gjennom meiose eller mitose . Epigenetisk informasjon modulerer derfor genuttrykk uten å endre DNA-sekvensen. DNA -metyleringsmønstre er de best studerte og forstått som markører for epigenetiske fenomener.
De tre hovedtypene epigenetisk informasjon er:
Det bør også bemerkes at cellen ikke kan syntetisere organeller de novo ; derfor trenger en celle i tillegg til informasjonen i DNA epigenetisk informasjon i form av minst ett karakteristisk protein i membranen til organellen som den ønsker å syntetisere. Denne informasjonen overføres fra membranen til faren eller moren til membranen til avkommet i form av selve organellen.
Men når man navngir disse mekanismene, må det huskes at "indirekte", når man analyserer opprinnelsen til hver prosess i seg selv, er gener fortsatt involvert ( som gener for enzymet DNA-metyltransferase , histoner , etc.) og derfor genetiske endringer (som mutasjoner ) som disse genene kan lide av, eller på genene de virker på, er også indirekte involvert. På samme måte, selv om epigenetiske modifikasjoner ikke innebærer en endring i DNA-nukleotidsekvensen i prosessen , men snarere består av en endring i uttrykket av gener, vil naturlig seleksjon på samme måte, basert på det biologiske resultatet av nevnte ekspresjon av gener, virke på den epigenetiske prosessen og på organismen som manifesterer den.
I 1944 konsumerte gravide kvinner i det okkuperte Holland bare 700 kalorier om dagen når de burde ha vært 2400 kalorier. Gutter og jenter som ble unnfanget eller født i 1944-1945 hadde lav fødselsvekt . Selv om de var i stand til å spise normalt etter krigen, kom ikke kroppene deres etter tidlig underernæring. Som voksne var de mer følsomme for: stress, fedme, insulinresistens, hypertensjon og koronarsykdom.
Selv om de hadde vært helt friske ved fødselen, hadde det skjedd noe inne i mors liv under fosterlivet som kunne påvirke dem resten av livet og deres avkom.
Det antas at mors underernæring vil føre til føtal underernæring, og sistnevnte vil generere "fosterprogrammering" , det vil si at fosteret forbereder seg på å tilpasse seg et miljø der det er ernæringsmessige mangler, noe som fører til en "sparsom fenotype." [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]
I det Holland fra 1944-1945, etter hungersnød kom overflod, men disse barna, som hadde en redusert metabolisme, så kroppsmassen deres vokse raskt, og akkumulerte fett i overflod. Det kan sies at barnebarnene og barnebarna til disse kvinnene fortsatt hadde det "epigenetiske merket" uten å ha kjent til krigens vanskeligheter, noe som bekrefter at egg og sæd bærer genetikken til foreldrene og besteforeldrene helt fra unnfangelsesøyeblikket. [ 17 ] [ 18 ]
Enzymaktivitet er temperaturavhengig, da endringer i temperatur kan påvirke måten proteiner folder seg på, og dermed påvirke deres interaksjon med andre forbindelser . [ 13 ] Siden fenotypen avhenger av aktiviteten til mange enzymer og deres interaksjoner med proteiner generelt, kan endringer i temperatur resultere i endringer i fenotypen.
Sommerfugler: endringer i vingefarge i henhold til sesongUlike arter av sommerfugler endrer farge etter årstidene. Endringer i farge har funksjonelle fordeler, og av denne grunn har de utviklet seg. [ 13 ] Vanligvis har den varme sommerfenotypen lyse vingefarger, mens vinterfenotypen viser mørke vingefarger. Ettersom svarte farger absorberer sollys mer effektivt, bidrar de til å øke kroppstemperaturen om vinteren; det motsatte skjer om sommeren. [ 20 ]
Fargeendringer ser ut til å være kontrollert av signaloverføring fra miljøet til genomet via det nevroendokrine systemet. [ 21 ] Signaler fra omgivelsene, som temperatur og daglengde, oppfattes av kroppens nevrosensoriske systemer. Disse kan deretter slå utskillelsen av hormoner av det endokrine systemet på eller av. Hormoner kan på sin side regulere genuttrykk, siden de kan aktivere transkripsjonsfaktorer. [ 13 ]
Forskjellene i fargen på sommerfuglenes vinger sommer og vinter skyldes endringer i nivåene av hormonet ecdyson under larvestadiet; larver som utvikler seg i kalde måneder blir utsatt for lavere nivåer av ecdyson enn de som utvikler seg i varme måneder. [ 22 ]
Reptiler og fisk: kjønnsbestemmelseBlant mange arter av krypdyr , som skilpadder og krokodiller , og også hos noen fisk , avhenger kjønnet til en organisme av utviklingstemperaturen til embryoet. Denne mekanismen kan ha utviklet seg hos noen arter for å endre kjønnsforholdet 1:1. [ 13 ] For eksempel, hos krokodiller produserer høyere temperaturer flere hunner, så det kan være opptil 10 hunner per hann. Dette representerer en fordel for arter der bestandsstørrelsen er begrenset av antall hunner. [ 23 ]
Hos fisk ser kjønn ut til å være bestemt av forholdet mellom to hormoner: østrogen og testosteron , et forhold som igjen styres av enzymet aromatase , som omdanner testosteron til østrogen. [ 13 ] Temperatur kan regulere aromatase, og på denne måten bestemme organismens kjønn. [ 24 ]
Mat inneholder kjemiske signaler som kan indusere fenotypiske endringer. [ 13 ]
Bier: kongelig gelé og bidronningHos bier avhenger produksjonen av dronninger nesten utelukkende av fôring av larvene. Larver som lever av kongelig gelé (som inneholder høye konsentrasjoner av protein og sekret fra spyttkjertlene til arbeiderbier) gjennom hele utviklingen vil være dronningbier med funksjonelle eggstokker. Derimot vil larver som mates med kongelig gelé i korte perioder utvikle seg til arbeidere uten funksjonelle eggstokker. [ 13 ]
Inntak av kongelig gelé forårsaker høye nivåer av syntese av ungdomshormon (JH) i larven. Dette hormonet forsinker metamorfosen, slik at larven kan utvikle seg lenger, bli større og utvikle funksjonelle eggstokker. [ 25 ] Endringen i JH-produksjonsnivåer har vist seg å korrelere med demping av Dnmt3-genet, som induserer en omprogrammering av larvetranskriptomet. Dempingen av dette genet produseres ved endring i metyleringsnivåer, så det er klart at epigenetisk regulering er en nøkkelkomponent for å kontrollere den sosiale arbeidsdelingen i kolonien. [ 26 ]
Se også: Dronning
Biller: lengde på hornKvaliteten og mengden gjødsel som billene mottar under utviklingen bestemmer den morfologiske og atferdsmessige fenotypen til hannbillene av noen arter. [ 27 ] Dette forekommer hos arter som Onthophagus taurus og Onthophagus acuminatus , der hannene har horn og hunnene ikke. Som hos bier påvirker juvenile hormonet fenotypen, denne gangen bestemmer det lengden på hannenes horn. Ved høyere konsentrasjoner av ungdomshormon, større lengde på hornene. [ 28 ]
Siden hornene er en faktor for seksuell seleksjon for hunnen, endres oppførselen til hanner med korte horn for å sikre deres reproduksjon. Mens hannene med lange horn, som er valgt av hunnene, vokter døren til hiet, graver hannene med korte horn tunneler til de når hunnen, for å parre seg med henne og unngå konfrontasjon med hannen med lange horn. På denne måten forårsaker dårlig fôring lave juvenile hormonnivåer, som igjen resulterer i korthornede hanner med "jukse"-adferd. [ 29 ]
Mennesker og immunsystemetHvis en kvinne under den tidlige utviklingen av embryoet har et kosthold rikt på grønne bladgrønnsaker, vil dette endre hvor aktive barnets gener skal være. Forskere i Gambia har vist at babyer unnfanget i regntiden har svært forskjellige aktivitetsnivåer i et bestemt gen, som er viktig for å regulere immunsystemet. [ 5 ] [ 30 ]
Noen organismer kan oppdage tilstedeværelsen av molekyler som skilles ut av rovdyrene deres og bruke dem til å utløse utviklingen av strukturer som gjør dem mindre utsatt for predasjon. Det finnes mange eksempler på denne evnen: [ 13 ]
Signaler for å endre fenotypen kan også komme fra slektninger , eller medlemmer av samme art, ettersom individer må oppføre seg annerledes når de er alene og når de er omgitt av konkurrenter. Predator- og konspesifikke signaler virker vanligvis synergistisk for å produsere den mest gunstige fenotypen. [ 13 ] Noen eksempler er vist nedenfor:
Ordet biomarkør refererer til enhver type variasjon som oppstår i arvestoffet og derfor er det mulig å oppdage det i organismen som bærer nevnte endring. De første markørene som ble brukt er basert på konseptene for tradisjonell genetikk på en slik måte at de brukte polymorfe systemer for å oppdage allelvariantene som førte til en endring i fenotypen.
For påvisning av epigenetiske modifikasjoner ble det utviklet markører som er ansvarlige for å oppdage molekyler som er relatert til en bestemt tilstand av aktivering eller inaktivering av et gen. For eksempel indikerer påvisning av en høy mengde metylmolekyler en tilstand av geninaktivering ( "gene knockout" ). Med inkorporering av molekylære teknikker ble biomarkører skapt gjennom SNPs , Indels , RFLPs og SSRs eller STRs , blant andre.
For at en markør skal anses som en god markør, må den kreve en minimumsmengde av prøven og må tillate identifisering av signifikante forskjeller mellom en normal tilstand og en tilstand av epigenetiske endringer som kan utvikle seg i en sykdom. Basert på dette finnes det en type markører som bruker kroppsvæsker som prøve og måler konsentrasjonen av visse metabolitter tilstede, som er relatert til epigenetiske endringer og senere i dannelsen av kreft. For kreftdeteksjon er en av de mest brukte markørene de epigenetiske modifikasjonene av promotoren til genene som er involvert i hemming av kinaser , avhengig av sykliner p15, p16 og RASSF1A. Disse fungerer som markører for tidlig påvisning av hepatocellulære karsinomer . Det tas blodprøver fra pasienten hvor metylerte sekvenser av de nevnte gener kan påvises.
Kunnskap om disse fenomenene har muliggjort fremskritt innen genterapi. Det har pågått arbeid for å reversere gendemping. Dette arbeidet ble utført på mus med Rett syndrom som, når de ble behandlet, gjenopprettet sin evne til å produsere normale nivåer av MeCP2-proteinet, og dermed reduserte tegnene på autisme som de presenterte før behandlingen.
En nøkkelfaktor på dette feltet er arvbarheten til 'epigenetisk markering' fra en generasjon til en annen, noe som gjør det mulig å øke suksessen til genterapi. Hvis strukturelle endringer i kromatin i stor grad kan bestemmes av miljøfaktorer og dette kan være arvelig, vil de være viktige i adaptivt uttrykk avhengig av miljøet. Disse siste oppdagelsene har ført til å vurdere ikke bare uttrykket av gener, men også måten uttrykket kan modifiseres på av miljøfaktorer.
"Epigenetisk regulering" gjøres gjennom strukturelle endringer, for eksempel tilsetning av metyler, noe som kan føre til endringer i stedene for enzymvirkning , og som et resultat kan det være tap i stabiliteten til nevnte regioner. Derfor blir disse regionene mer følsomme for forekomsten av kromosomale variasjoner eller for transformasjonen av cellen på grunn av tap av vekstkontrollmekanismen eller aktivering av apoptose . Alt dette kan resultere i endringer i fenotypen og en høy mulighet for utvikling av sykdommer. [ 16 ]
Kreftepigenetikk gir ny innsikt i kreft. Det er to klare eksempler på epigenetiske modifikasjoner i kreftceller:
- DNA-metylering antas å være ansvarlig for gendemping assosiert med paternal imprinting, heterokromatisk genundertrykkelse og X-kromosominaktivering Kreftceller inneholder modifiserte DNA-metyleringsmønstre, det vil si at de er mye mindre metylerte enn celler, normale celler. I tillegg er genpromotorer i kreftceller hypermetylert. Derfor antas disse modifikasjonene å redusere transkripsjonell undertrykkelse av de fleste gener som ville bli stilnet i normale celler. Disse metyleringsprofilene brukes i dag for tumordiagnose.
– På den annen side histonmodifikasjoner, som også påvirkes i kreftceller.
Siden Notch-signalveien er kjent for å være involvert i både vevsutvikling og fornyelse, har den ideelle rollen til NOTCH-transduksjonsveien i kreftspredning blitt angitt. Nylig er det utført studier i Drosophila som har tillatt en bedre forståelse av forholdet mellom NOTCH og tumordannelse. NOTCH er viktig siden det har en rolle i å bestemme celleskjebner, spredning, apoptose, differensiering, migrasjon og celleutvikling. Med studiet av drosophila ble det bestemt at Notch-reseptorer hos pattedyr og Delta-ligander er involvert i tumordannelse. En avvikende aktivering av NOTCH1-reseptoren er relatert til 50 % av typene T-celle akutt lymfatisk leukemi Hvis NOTCH-transduksjonsveien inaktiveres, øker dannelsen av svulster, siden man har sett at Notch i visse sammenhenger kan være en tumor suppressor. Imidlertid er det fortsatt ingen klar forståelse av hvordan Notch virker i kreftdannelse in vivo. Av denne grunn fokuserer studier på identifisering av onkogener og tumorsuppressorer som samhandler med Notch-veier. Med en bedre forståelse av dette emnet og hvis det er bevist at epigenetisk lyddemping øker tumordannelsen, kan epigenetiske terapier foreslås for å bekjempe kreft.
Kreftepigenetikk er et område med pågående forskning som fortsetter å lette forståelsen av den molekylære patogenesen til kreft og identifisering av nye terapeutiske alternativer. [ 32 ] Disse undersøkelsene har vært basert på oppdagelsen av biomarkører som letter diagnostisering og kunnskap om kreft; DNA-metyltransferase- og histon-deacetylase- enzymer har vist seg å være svært effektive for å diagnostisere kreft, og enda mer spesifikk kunnskap om dem vil bidra til å undertrykke kreftsvulster. [ 33 ]
Det har allerede blitt nevnt at mange av disse endringene er et resultat av eksponering for miljøet. Ved assistert befruktning har det oppstått spørsmål om eksponeringstidspunktet for dyrkningsmediet kan ha betydning for epigenetiske reguleringsprosesser. Siden utviklingsstadiet til embryoet er et kritisk øyeblikk der mange epigenetiske endringer finner sted (som en høy grad av demetylering for å slette de epigenetiske merkene til foreldrene), spiller miljøet en viktig rolle i den grad det kan endre disse mønstre. Under embryogenese , etter at foreldrenes avtrykk er slettet, dannes et de novo-metyleringsmønster, som gjør at vevsdifferensiering kan skje. Hvis denne prosessen ikke foregår riktig, kan det oppstå sykdommer hos den enkelte eller mulige problemer under graviditeten som kan føre til tap av embryoet. Dette er grunnen til at det bør tas i betraktning at eksponering for et kunstig miljø kan ha et toksikologisk potensiale som hindrer riktig reguleringsmønster i å oppstå. Selv om en stor prosentandel av barn født med denne teknikken har normal vekst og utvikling, har det blitt observert at det er en tendens til at de har lav fødselsvekt og at det er en tre- til seks ganger økning i forekomsten av Beckwith - Syndromer Wiedemann og Angelman . Det er fortsatt ingen klar kunnskap hos mennesker om hvordan de ulike faktorene ved prøverørsbefruktning der embryoene dannes, kan ha eller ha en viktig effekt på deres utvikling. I museembryoer er endringer i epigenetisk preging observert.
Foreløpig antas det at den høyere forekomsten av denne typen endring hos barn født ved assistert befruktning kan skyldes manipulasjonen som finnes i mange av stadiene av befruktning, for eksempel bruk av hormoner for eggstokkstimulering, in vitro oocytt modning, bruk av umodne sædceller, mikroinjeksjon av sæd, in vitro embryokultur og kryokonservering av kjønnsceller og embryoer. Med andre ord kan alle disse prosessene endre det genetiske avtrykket, selv om det er sant at dataene vi har kommet, for det meste, fra dyremodeller, på grunn av de etiske problemene med å jobbe med embryoer. [ 34 ]
Til tross for dette er det bevis på forholdet mellom avtrykksforstyrrelser og assistert reproduksjonsteknikker: