En klade (fra gresk κλάδος [ clados ], «gren») er navnet gitt i kladistikk til hver av grenene som er oppnådd etter å ha gjort et enkelt kutt i det fylogenetiske treet . Den begynner med en felles stamfar og består av alle dens etterkommere , som danner en enkelt gren på livets tre . [ 1 ] Den felles stamfaren kan være et individ, en populasjon , en art , det spiller ingen rolle om den er utdødd eller eksisterende, og så videre til man når et rike . Den er også navngitt som en " monofyletisk gruppe ". [ 1 ] [ 2 ]
Divergens er samtidig med evolusjon , slik at de, gitt to arter , stammer fra en felles stamfar mer eller mindre fjernt i tid. Siden denne betraktningen brukes, er idealet for biologisk klassifisering å gruppere arter etter deres grad av slektskap. De er plassert nærmere de til nærmeste felles stamfar.
Studiet av forholdet mellom arter over tid (avstamninger), fylogenetisk analyse , utføres nå ved hjelp av svært effektive metoder , for eksempel direkte sammenligning av DNA, RNA, proteinsekvenser og andre kilder til genetisk bevis: ultrastruktur , paleontologi, biokjemi. Fylogenetiske trær oppsummerer det som er kjent fra evolusjonshistorien. Men det er ikke den eneste definisjonen av clade.
I 1957 oppfant den engelske biologen Julian Huxley ordet. Dupuis har sagt [ 1 ] "Da han laget begrepet clade fra begrepet cladogenesis som ble hentet direkte fra Rensch, hadde Huxley til hensikt å betegne avgrensbare monofyletiske enheter eller mer presist monofyletiske enheter av hvilken som helst størrelsesorden " ]3[ [ 4 ] og to termer [ 4 ] refererer til fyletiske affiniteter. Cladistics er et "siste felles stamfar"-forhold, og patristisk et etter felles stamfar uten ytterligere spesifikasjon. Så de sidestiller et kladistisk forhold med et Hennigian.
Begrepet kladist ble introdusert i 1965 [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] og har to forskjellige betydninger. For Mayr [ 6 ] er kladogrammet til kladistene det filetiske diagrammet til den hennigianske skolen. For Camin og Sokal [ 7 ] brukes begrepet kladogram «for å skille et kladistisk dendrogram fra et fenetisk som kan kalles et fenogram». Følgelig er det to typer kladogrammer: de som er basert på attributter [ 8 ] og de som er basert på objekter (dvs. fenetiske konstruksjoner). [ 9 ]
I visse bøker kan det bli funnet definert som "en sekvens av stamfar og alle dens etterkommere." [ 10 ] Klader er kun konstruksjoner laget på levende populasjoner, og resten av sekvensen av forfedre og etterkommere er ikke representert i dataene. På samme måte kaller [ 11 ] Hennigian-kladen dendrogrammet (et tre der hver node representerer grupperingen av alle terminalnodene koblet til den, relasjonene mellom noder utgjør det som kalles topologien til treet, og det er en representasjon billedmessig representasjon av en hierarkisk grupperingsprosess, enten den er agglomerativ — som den i figuren — eller splittende, med pilene i motsatt retning) [ 12 ] dannet av metoden for apomorfier, og husk: «Man kunne ikke understreker nok sterkt at et Hennigian kladogram ikke er et fylogenetisk tre, kladogrammer har ingen forfedre, bare levende arter", og bruker definisjonen av en klade som et produkt av en monofyletisk gruppe, der den antar en felles stamfar: "Skillnaden mellom en endegren av treet (en klede), for eksempel dyre- eller soppriket, og et basalt, forfedres segment av treet, slik som protozoer og bakterier (hver en særegen grad av organisering, ikke a clade), er viktig spesielt når man diskuterer utryddelse og opprinnelse til grupper."
Både de hennigianske kladogrammene og de oppnådd ved andre metoder (numeriske fenogrammer og uten apomorfier) tar topologien til den hierarkiske klyngingen laget med en eller annen metode (så deres topologi faller sammen med den til et dendrogram), men når den konverteres den hierarkiske klyngingen (tegnet som dendrogram). ) inn i en evolusjonshypotese, blir topologien en fylogenihypotese, og dens noder tolkes annerledes. Hennig selv [ 13 ] kunne tolke nodene og grenene som forfedre, siden topologien sammenfaller med den til dendrogrammet som fylogenihypotesen dukket opp fra.
Definisjonen av taxon etterfulgt av International Codes of Nomenclature, som regulerer de vitenskapelige navnene som brukes på planter, dyr og bakterier, definerer det som "en gruppe organismer med omskrift, posisjon og rang".
Omskjæringen er avgrensningen av gruppen, kriteriet som brukes for å skille hver organisme i taksonen fra de andre taxaene, i henhold til kodene må den bestå av en beskrivelse av karakterene til organismene i taksonen på en måte som er nyttig i identifisering av nye organismer: Den skal kunne brukes til å avgjøre om nye organismer etter å ha laget en beskrivelse, tilhører eller ikke tilhører det taksonet. Den må med andre ord bestå av en beskrivelse som ideelt sett er «diagnostisk». Den taksonomiske posisjonen er taxaen som taksonen er agglomerert innenfor, det vil si den høyere taxaen som den også tilhører, og rangeringen er den såkalte "taksonomiske kategorien", hvorav det for kodene er 7 som av historiske årsaker er obligatoriske: rike, filum eller divisjon, klasse, orden, familie, slekt, art ( Kongen er en type av mange klasse som bestiller slekter av gode arter for sin familie ). Taksonet i henhold til kodene har ikke hypotetiske forfedre , bare organismene i den som dataene for valgkretsen ble hentet fra, men de kan uformelt assosieres med en.
Et takson trenger ikke nødvendigvis tilsvare en klade, siden det er taksonomiforskere som har grunner til å foreslå at det er parafyletiske grupper som er mer "naturlige" grupper enn de monofyletiske som omfatter dem, og dermed genererer mer nyttige og prediktive klassifikasjoner ( for eksempel Cavalier-Smith 2010). [ 11 ]