Ultrakonservert element

Et ultrakonservert element er en DNA -region som er identisk i minst to eller flere helt forskjellige arter . [ 1 ] En av de første studiene av ultrakonserverte elementer hos mennesker viste at visse DNA-sekvenser på 200 nukleotider eller lengre var fullstendig konserverte og identiske med sekvenser fra mus og rotter . [ 2 ] Til tross for at de er ikke-kodende DNA-sekvenser, er noen ultrakonserverte elementer transkripsjonelt aktive, noe som gir opphav til ikke- kodende RNA - molekyler . [ 3 ]

Den perfekte bevaring av disse lange DNA- strekningene har stor betydning i evolusjon og fylogenetiske analyser siden disse områdene lett kan bevares om 400 eller 300 millioner år. [ 4 ] Sannsynligheten for å finne ultrakonserverte grunnstoffer ved en tilfeldighet (under nøytral evolusjon ) ble estimert til å være mindre enn 10-22 ved 2,9 milliarder baser. [ 5 ]

I det menneskelige genomet ble rundt 481 ultrakonserverte elementer identifisert. [ 2 ] En database som samler informasjon om ultrakonserverte elementer ( UCbase ) i andre dyrearter viste 100 % identitet mellom mennesker, mus og rotter (Se Euarchontoglires#Phylogeny ). [ 6 ] En studie som sammenlignet ultrakonserverte elementer hos mennesker og fisken Takifugu rubripes antydet at de var viktige i utviklingen og utviklingen av virveldyr . [ 7 ]

Referanser

  1. ^ Reneker J, Lyons E, Conant GC, Pires JC, Freeling M, Shyu CR, Korkin D (2012). "Lange identiske multispecies elementer i plante- og dyregenomer" . Proceedings of the National Academy of Sciences 109 (19): E1183-E1191. ISSN  0027-8424 . PMC  3358895 . PMID  22496592 . doi : 10.1073/pnas.1121356109 . 
  2. ↑ a b Bejerano, G; Fasan, M; Makunin, I; Stephen, S; Kent, WJ; Mattick, JS; Haussler, D (2004-05-28). "Ultrakonserverte elementer i det menneskelige genomet." Science 304 (5675): 1321-5. PMID  15131266 . doi : 10.1126/science.1098119 . 
  3. ↑ Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (sep 2007). "Ultrakonserverte regioner som koder for ncRNA er endret i humane leukemier og karsinomer." Kreftcelle 12 (3): 215-29. PMID  17785203 . doi : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . 
  4. ^ Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (januar 2009). "UCbase & miRfunc: en database med ultrakonserverte sekvenser og mikroRNA-funksjon" . Nucleic Acids Res. 37 (Databaseutgave): D41-8. PMC  2686429 . PMID  18945703 . doi : 10.1093/nar/gkn702 . 
  5. ^ Sathirapongsasuti JF, Sathira N, Suzuki Y, Huttenhower C, Sugano S (2011). "Ultrakonserverte cDNA-segmenter i det humane transkriptomet viser motstand mot folding og impliserer funksjon i translasjon og alternativ spleising" . Nucleic Acids Res. 39 (6): 1967-79. PMC  3064809 . PMID  21062826 . doi : 10.1093/nar/gkq949 . 
  6. ↑ http://ucbase.unimore.it Arkivert 10. august 2016 på Wayback Machine ..
  7. ↑ Woolfe A, Goodson M, Goode DK, Snell P, McEwen GK, Vavouri T, Smith SF, North P, Callaway H, Kelly K, Walter K, Abnizova I, Gilks ​​W, Edwards YJ, Cooke JE, Elgar G (januar 2005). "Svært konserverte ikke-kodende sekvenser er assosiert med vertebratutvikling." . PLoS Biology 3 (1):e7. PMC  526512 . PMID  15630479 . doi : 10.1371/journal.pbio.0030007 .