Konsensussekvens



All kunnskapen som mennesket har samlet i århundrer om Konsensussekvens er nå tilgjengelig på internett, og vi har samlet og bestilt den for deg på en mest mulig tilgjengelig måte. Vi vil at du skal kunne få tilgang til alt relatert til Konsensussekvens som du vil vite raskt og effektivt; at opplevelsen din er hyggelig og at du føler at du virkelig har funnet informasjonen om Konsensussekvens som du lette etter.

For å nå våre mål har vi gjort en innsats for ikke bare å få den mest oppdaterte, forståelige og sannferdige informasjonen om Konsensussekvens, men vi har også passet på at utformingen, lesbarheten, lastehastigheten og brukervennligheten til siden være så hyggelig som mulig, slik at du på denne måten kan fokusere på det essensielle, kjenne til all data og informasjon som er tilgjengelig om Konsensussekvens, uten å måtte bekymre deg for noe annet, vi har allerede tatt hånd om det for deg. Vi håper vi har oppnådd vårt formål og at du har funnet informasjonen du ønsket om Konsensussekvens. Så vi ønsker deg velkommen og oppfordrer deg til å fortsette å nyte opplevelsen av å bruke scientiano.com.

I molekylærbiologi og bioinformatikk er konsensus-sekvensen (eller den kanoniske sekvensen ) den beregnede rekkefølgen av de hyppigste rester, enten nukleotid eller aminosyre , funnet ved hver posisjon i en sekvensjustering . Det representerer resultatene av flere sekvensjusteringer der relaterte sekvenser blir sammenlignet med hverandre og lignende sekvensmotiver beregnes. Slik informasjon er viktig når man vurderer sekvensavhengige enzymer som RNA-polymerase .

Biologisk betydning

Et proteinbindingssted, representert av en konsensus-sekvens, kan være en kort sekvens av nukleotider som finnes flere ganger i genomet og antas å spille den samme rollen på forskjellige steder. For eksempel gjenkjenner mange transkripsjonsfaktorer bestemte mønstre i promotorene til genene de regulerer. På samme måte har restriksjonsenzymer vanligvis palindromiske konsensus-sekvenser, som vanligvis tilsvarer stedet der de kutter DNA. Transposoner handler på omtrent samme måte når de identifiserer målsekvenser for transponering. Til slutt kan skjøtingssteder (sekvenser som umiddelbart omgir ekson - introngrensene ) også betraktes som konsensussekvenser.

En konsensus-sekvens er således en modell for et antatt DNA-bindingssted : det oppnås ved å tilpasse alle kjente eksempler på et bestemt gjenkjennelsessete og definert som den idealiserte sekvensen som representerer den dominerende basen i hver posisjon. Alle de faktiske eksemplene bør ikke avvike fra konsensus med mer enn noen få erstatninger, men å telle uoverensstemmelser på denne måten kan føre til inkonsekvenser.

Enhver mutasjon som tillater at et mutert nukleotid i kjernepromotorsekvensen ser mer ut som konsensus-sekvensen, er kjent som en opp-mutasjon . Denne typen mutasjon vil generelt gjøre promoteren sterkere, og dermed danner RNA-polymerase en strengere binding til DNA det ønsker å transkribere og transkripsjon er oppregulert. Tvert imot er mutasjoner som ødelegger konserverte nukleotider i konsensus-sekvensen kjent som dunmutasjoner . Disse typer mutasjoner nedregulerer transkripsjon siden RNA-polymerase ikke lenger kan binde så tett til kjernepromotorsekvensen.

Sekvensanalyse

Å utvikle programvare for mønstergjenkjenning er et hovedtema innen genetikk , molekylærbiologi og bioinformatikk . Spesifikke sekvensmotiver kan fungere som regulatoriske sekvenser som styrer biosyntese, eller som signalsekvenser som leder et molekyl til et bestemt sted i cellen eller regulerer modning. Siden reguleringsfunksjonen til disse sekvensene er viktig, antas de å være konservert over lange evolusjonsperioder . I noen tilfeller kan evolusjonær tilknytning estimeres av bevaringsmengden til disse stedene.

Notasjon

De konserverte sekvensmotivene kalles konsensus-sekvenser og de viser hvilke rester som er konservert og hvilke rester som er variable. Tenk på følgende DNA- sekvens:

A [CT] N {A} YR

I denne notasjonen betyr A at en A alltid finnes i den posisjonen; [CT] står for enten C eller T; N står for hvilken som helst base; og {A} betyr hvilken som helst base unntatt A. Y representerer ethvert pyrimidin , og R indikerer hvilket som helst purin .

I dette eksemplet gir ikke notasjonen [CT] noen indikasjon på den relative frekvensen av C eller T som forekommer i den posisjonen. En alternativ metode for å representere en konsensus-sekvens bruker en sekvenslogo . Dette er en grafisk fremstilling av konsensus-sekvensen, hvor størrelsen på et symbol er relatert til frekvensen at et gitt nukleotid (eller aminosyre) forekommer i en bestemt posisjon. I sekvenslogoer jo mer konserverte rest, jo større blir symbolet for den resten tegnet; jo sjeldnere, jo mindre symbol. Sekvenslogoer kan genereres ved hjelp av WebLogo , eller ved hjelp av Gestalt Workbench , et offentlig tilgjengelig visualiseringsverktøy skrevet av Gustavo Glusman ved Institute for Systems Biology .

Programvare

Bioinformatikk verktøy er i stand til å beregne og visualisere konsensus sekvenser. Eksempler på verktøyene er JalView og UGENE .

Se også

Referanser

Opiniones de nuestros usuarios

Johanne Ludvigsen

Språket ser gammelt ut, men informasjonen er pålitelig og generelt gir alt som skrives om Konsensussekvens mye selvtillit.

Tore Lund

Denne artikkelen om Konsensussekvens har fanget oppmerksomheten min, jeg synes det er nysgjerrig på hvor godt målte ordene er, det er liksom...elegant.

Tina Petersen

Fin artikkel fra Konsensussekvens.