PubChem er en database med molekyler. Det er et system som drives og vedlikeholdes av National Center for Biotechnology Information (NCBI), en del av National Library of Medicine , en del av US National Institutes of Health . Den kan konsulteres gratis gjennom internett, i tillegg til å kunne laste ned data fra millioner av strukturer via FTP. De fleste av molekylene som er oppført i PubChem har en molekylvekt på mindre enn 2000 amu. American Chemical Society forsøkte å begrense aktivitetene deres, og hevdet at de var i konkurranse med deres Chemical Abstracts Service. Mer enn 50 databaseleverandører bidrar til veksten av PubChem.
PubChem inneholder tre primære, stadig voksende databaser:
Med 10,2 millioner oppføringer, rene forbindelser og blandinger.
(Mer informasjon i [1] )
Omtrent 15,5 millioner oppføringer, inneholder blandinger, ekstrakter, komplekser og ukarakteriserte stoffer.
(Mer informasjon i [2] )
(Mer informasjon i [3] )
Databasen kan søkes etter en rekke parametere, inkludert kjemisk struktur, fragmentnavn, kjemisk formel, molekylvekt, XLogP og antall donor- og akseptorhydrogenbindinger.
Den har sitt eget molekylredigeringssystem basert på SMILES/SMARTS og InChI-støtte som tillater import og eksport av de vanligste kjemiske formatene for å søke etter strukturer og fragmenter.
Hvert resultat inneholder informasjon om synonymer, kjemiske egenskaper (inkludert SMILES og InChI-kjeder), bioaktivitet og lenker til strukturelt beslektede forbindelser, samt lenker til andre NCBI-databaser, som PubMed.
Du kan søke fra forskjellige parametere ved å sette dem innenfor firkantede parenteser. Et numerisk område er representert fra to tall atskilt med et kolon (:). Søkeord skiller ikke mellom store og små bokstaver. Parenteser og logiske operatorer, som AND, OR og NOT, støttes. Hvis ingen er spesifisert, antas AND.
Eksempel:
0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]identifikasjonsnummer | ||
| • | Identifikasjonsnummer i databasen | [UID] |
| • | Stoffidentifikasjonsnummer | [SID] |
| • | Sammensatt identifikasjonsnummer | [CID] |
| • | BioAssay-identifikasjonsnummer | [BAID], [AID] |
Generell | ||
| • | Ethvert felt i DB | [ALLE] |
| • | Kommentar | [CMT] |
| • | Utskrivningsdato | [DDAT], [DEPDAT] |
| • | Ekstern ID til personen som registrerte seg | [SRID], [SRCID] |
| • | skriftnavn | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
| • | Kilde publiseringsdato | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
| • | Medical Subject Heading (MeSH) term | [MSHT], [MESHT] |
| • | MeSH tre node | [MSHN], [MESHTN] |
| • | MeSH farmakologiske handlinger | [PHMA], [PHARMA] |
Stoffegenskaper | ||
| • | synonymer | [SYNO] |
| • | IUPAC navn | [UPAC], [IUPAC] |
| • | International Chemical Identifier (InChI) | [INCHI] |
| • | Molekylær vekt | [MW], [MWT], [MOLWT] |
| • | Element | [ELMT], [EL] |
| • | ikke-hydrogenatomer | [HAC], [HACNT] |
| • | Antall isotoper | [IAC], [IACNT] |
| • | Total formell belastning | [TFC], [CHG], [CHRG] |
| • | Antall chirale atomer | [ACC], [ACCNT] |
| • | Antall chirale atomer av en gitt type | [ACDC], [ACDCNT] |
| • | Antall udefinerte chirale atomer | [ACUC], [ACUCNT] |
| • | Antall hydrogenbindingsakseptorer | [HBAC], [HBACNT] |
| • | Antall hydrogenbindingsgivere | [HBDC], [HBDCNT] |
| • | Antall tautomere | [TC], [TCNT], [MTCT] |
| • | Antall roterende lenker | [RBC], [RBCNT] |
| • | XLogP | [XLGP], [LOGP] |
Sammensatte egenskaper | ||
| • | Sammensatte synonymer | [CSYN], [CSYNO] |
| • | Antall komponenter | [CC], [CCNT] |
| • | Antall kovalente bindinger | [CUC], [CUCNT] |
| • | Bioaktivitetsnummer | [CT] |