Protein Data Bank ( PDB) [ 1 ] er en database over den tredimensjonale strukturen til proteiner og nukleinsyrer . Disse dataene, vanligvis innhentet ved røntgenkrystallografi eller kjernemagnetisk resonans , er sendt inn av biologer og biokjemikere over hele verden. De er i det offentlige domene og kan brukes fritt. [ 2 ] PDB er overvåket av en organisasjon kalt Worldwide Protein Data Bank(wwPDB).
To fakta konvergerte for å starte PBD: en liten, men voksende samling av proteinstrukturdatasett bestemt ved røntgendiffraksjon ; og den nylig tilgjengelige (1968) molekylære grafikkskjermen, Brookhaven RAster Display (BRAD), for å visualisere disse proteinstrukturene i 3D. I 1969, med sponsing av Walter Hamilton ved Brookhaven National Laboratory , begynte Edgar Meyer (Texas A&M University) å skrive programvare for å lagre atomkoordinatfiler i et felles format slik at de er tilgjengelige for geometrisk og grafisk evaluering. I 1971 tillot et av Meyers programmer, SEARCH, forskere å få ekstern tilgang til databaseinformasjon for å studere proteinstrukturer offline. [ 3 ] SEARCH var medvirkende til å muliggjøre nettverk, som markerte den funksjonelle begynnelsen av PBD.
Protein Data Bank ble annonsert i oktober 1971 i Nature New Biology [ 4 ] som et joint venture mellom Cambridge CrystallogrPBDhic Data Center , Storbritannia , og Brookhaven National Laboratory, USA.
Etter Hamiltons død i 1973 overtok Tom Koeztle ledelsen av PBD de neste 20 årene. I januar 1994 ble Joel Sussman fra Weizmann Institute of Science i Israel utnevnt til direktør for PBD. I oktober 1998 [ 5 ] ble PBD overført til Structural Bioinformatics Research Laboratory (RCSB); [ 6 ] Overføringen ble fullført i juni 1999. Den nye direktøren var Helen M. Berman ved Rutgers University (en av RCSBs administrerende institusjoner, den andre var San Diego Supercomputer Center ved UC San Diego). [ 7 ] I 2003, med dannelsen av wwPDB, ble PBD en internasjonal organisasjon. Grunnleggerne er PDBe (Europa), [ 8 ] Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB PBD) (USA) og PDBj (Japan). The Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB) ble innlemmet i 2006. [ 9 ] Hvert av de fire medlemmene av wwPDB kan fungere som et depot, databehandlings- og distribusjonssenter for PDB-data. Databehandling refererer til det faktum at wwPDB-ansatte vurderer og kommenterer hver innsendte oppføring. Sannsynligheten til dataene blir deretter automatisk kontrollert (kildekoden til denne valideringsprogramvaren er gjort fritt tilgjengelig for allmennheten).
Da det ble grunnlagt, inneholdt PDB bare 7 proteinstrukturer. Siden den gang har den opplevd en tilnærmet eksponentiell vekst i antall strukturer og ingenting ser ut til å tyde på at hastigheten vil avta. AP-databasen oppdateres ukentlig (UTC +0 onsdag), sammen med aksjelisten. Fra 1. april 2020 besto PBD av:
eksperimentell metode |
protein | Nukleinsyrer | Komplekse protein/nukleinsyrer |
Andre | Total |
|---|---|---|---|---|---|
| Røntgenkrystallografi | 135170 | 2097 | 6945 | 4 | 144216 |
| Kjernemagnetisk resonansspektroskopi | 11337 | 1325 | 264 | 8 | 12934 |
| elektronmikroskopi | 3475 | 35 | 1136 | 0 | 4646 |
| hybrider | 155 | 5 | 3 | 1 | 164 |
| Andre | 286 | 4 | 6 | 1. 3 | 309 |
| Total: | 150423 | 3466 | 8354 | 26 | 162269 |
Veksthastigheten i BNP har blitt analysert i dybden i ulike studier. [ 11 ]